[아미노산과 단백질 화학] Peptide - 1부

Peptide의 구조와 명명법

한 아미노산의 카르복시기와 인접한 아미노산의 α-아미노기는 다음과 같이 탈수 축합반응하여 peptide 결합(peptide bond)을 형성할 수 있다.

Peptide에도 역시 유리 α-아미노기(N-말단)와 유리 카르복시기(C-말단)가 있으므로 이 말단부들이 계속 반응하면 더욱 긴 사슬을 만들 수 있으며 peptide 내의 각각의 아미노산 부분은 아미노산 잔기(amino acid residue)라 한다. 보통 10개 이하의 잔기로 구성된 peptide를 oligopeptide라하며 잔기수를 확실히 하기 위해 그리스어의 접두사를 이용하여 dipeptide, tripeptide, tetrapeptide 등으로 부른다. 

이보다 더욱 많은 아미노산이 결합하여 만들어진 것을 polypeptide라하며 보통 50개 이상의 아미노산으로 이루어진 peptide를 단백질이라 한다. 잔기 배열을 알고 있는 사슬형의 peptide는 N-말단에서 시작하여 각 아미노산의 어미 "-ine"를 "-yl", 즉 α-아미노산의 아실(acyl)기로 표시하는 방법으로 명명되며 peptide 결합은 [-]로 표시된다. 각 잔기에는 N-말단을 1로 하여 번호가 붙여지기도 한다. 

arginyl-alanyl-glycyl-arginyl-glutamyl-alanyl-methionyl-lysine

1         2          3          4          5         6         7          8

Peptide를 완전하게 표기하는 것이 번거롭기 때문에 3 문자 또는 1 문자 약기법으로 표기하기도 한다. 위에서 예를 든 octapeptide는 Arg-Ala-Gly-Arg-Glu-Ala-Met-Lys 또는 R-A-G-R-E-A-M-K로 표기할 수 있다. 만일 peptide의 정확한 아미노산 배열순서가 알려져 있지 않고 일부만 알려져 있는 경우는 잔기를 ( )로 둘러싸고 [-] 대신 [,]를 이용하여 표시한다. 

1               (2, 3, 4)               5               (6, 7)              8

arginyl-(alanyl,arginyl,glycyl)-glutamyl-(alanyl,methionyl)-lysine

이것도 Arg-(Ala,Arg,Gly)-Glu-(ala,Met)-Lys 또는 R-(A,R,G)-E-(M,A)-K로 약기할 수 있다.

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